全自动酶标仪如今广泛用在临床检验、生物学研究、农业科学、食品和环境科学中，特别在近几年中，由于大量的酶联免疫检测试剂盒的应用，使得它在生殖保健领域中应用越来越广泛，同时促进了生殖健康技术水平提高。
全自动酶标仪的光源灯发出的光波经过滤光片或单色器变成一束单色光，进入塑料微孔极中的待测标本。该单色光一部分被标本吸收，另一部分则透过标本照射到光电检测器上，光电检测器将这一待测标本不同而强弱不同的光信号转换成相应的电信号。电信号经前置放大，对数放大，模数转换等信号处理后送入微处理器进行数据处理和计算，由显示器和打印机显示结果。
微处理机还通过控制电路控制机械驱动机构X和Y方向的运动来移动微孔板，从而实现自动进样检测过程。而另一些自动酶标仪则是采用手工移动微孔板进行检测，因此省去了X、Y方向的机械驱动机构和控制电路，从而使仪器更小巧，结构也更简单。
一般来说，全自动酶标仪使用时分为半自动和全自动两种，不过这两者的工作原理基本上是一致的，核心都是比色计，也就是用比色法来进行分析。
全自动酶标仪的测定波长研究：
一般酶标仪的测定波长在400-750nm或800nm之间，则可以满足ELISA的显色测定。目前国内常见的ELISA试剂盒所使用的标记用酶均为辣根过氧化物酶（HRP），底物通常为四甲基联苯胺（TMB）和邻苯二胺（OPD），其在过氧化氢溶液的存在下，经HRP作用，分别氧化为2，2，-二氨基偶氮苯（DAB）和联苯醌。当pH值为5.0左右时，DAB在450nm波长处有大吸收，当pH值降为L 0时，大吸收波长移至492 nm，同时摩尔消光系数变大，显色加深，因而常用强酸如硫酸或盐酸终止反应。TMB的氧化产物联苯醌在波长450nm处有大消光系数，如果HRP量少，H:O:和TMB过量时，则形成蓝色的阳离子根。降低pH，即可使蓝色的阳离子根转变为黄色的联苯醌，使用硫酸作为终止剂可使产物稳定90min.因此，450nm和492 nm两个波长是目前ELISA测定常用的。
各种酶标仪都配有放置滤光片的可自动转换的部件，可以同时安装6-8片滤光片，所配备的滤光片均应包括上述两个波长，有的酶标仪以490nm滤光片替代492nm滤光片，影响不大。除了这两个基本滤光片外，考虑到双波长比色的需要，还应有620nm或630nm或650nm和405nm波长的滤光片，其他滤光片可根据实际需要选择。有时实验室希望用酶标仪作微量生化测定，故酶标仪厂家对其生产时扩展了紫外检测功能，此时需要一个340nm波长滤光片。此时，酶标仪的测定波长范围就成为340-750nm或800nm。
